Στα βορειοδυτικά παράλια του Νομού Ηλείας βρίσκεται η λιμνοθάλασσα Κοτύχι και στα νοτιοδυτικά παράλια βρίσκεται η λιμνοθάλασσα του Καϊάφα , υγρότοποι και οικοσυστήματα μεγάλης περιβαλλοντικής αξίας με όμορφες αμμουδιές και αμμοθήνες.
Το Κοτύχι είναι μια υφάλμυρη ρηχή λιμνοθάλασσα, η οποία βρίσκεται μεταξύ των ακρωτηρίων Κουνουπέλι και Κυλλήνη. Πρόκειται για την μεγαλύτερη λιμνοθάλασσα που έχει απομένει στην Πελοπόννησο , μετά την αποξήρανση της λιμνοθάλασσας Αγουλινίτσας , καλύπτοντας μια έκταση η οποία κυμαίνεται από 7.100 μέχρι 8.500 στρέμματα, ανάλογα με την εποχή και τις βροχοπτώσεις.
Η λιμνοθάλασσα περιλαμβάνεται επίσης στο δίκτυο Natura 2000 , ενώ έχει χαρακτηρισθεί και σημαντική περιοχή για τα πουλιά της Ελλάδας , καθώς βρίσκεται στο νοτιότερο τμήμα του δυτικού μεταναστευτικού διαδρόμου της αποδημίας πολλών υδρόβιων πτηνών , αποτελώντας σταθμό αλλά και τόπο διαχείμανσης. Κατά την διάρκεια της αποδημίας εδώ μπορεί να παρατηρήσει κανείς σπάνια είδη πουλιών που σταματούν να ξεκουραστούν και να τραφούν.
Στην περιοχή , σε διάφορες εποχές , έχουν παρατηρηθεί πάνω από 100 είδη πουλιών. Υπάρχουν επίσης και πολλά είδη που φωλιάζουν και αναπαράγονται στην περιοχή. Φημίζεται επίσης για την ιχθυοπαραγωγή σε κέφαλους , λαβράκια , τσιπούρες και χέλια. Στη λίμνη ζουν επίσης βαλτοχελώνες , βάτραχοι , η περίφημη θαλασσοχελώνα Caretta caretta και νεροχελώνες. Η ιχθυοπανίδα της λιμνοθάλασσας του Κοτυχίου που λειτουργεί ως διβάρι ? παραδοσιακό ιχθυοτροφείο ? που προσφέρει άφθονη αλιεία στους ψαράδες της περιοχής.
Η λιμνοθάλασσα διαχωρίζεται από την θάλασσα με μια επιμήκη λωρίδα άμμου , αλλά στο κέντρο της δυτικής πλευράς υπάρχει ένας δίαυλος πλάτους 30 μ. που την συνδέει με το Ιόνιο πέλαγος. Αρκετά υδάτινα ρεύματα (όπως οι χείμαρροι Γούβος , Συκιάς κ.α.) αποστραγγίζουν την γύρω περιοχή και εισέρχονται στην λιμνοθάλασσα κυρίως από τα νότια και ανατολική της πλευρά , τροφοδοτώντας τη με σημαντικές ποσότητες γλυκού νερού. Τα ρεύματα αυτά διατηρούν την αλατότητα της λιμνοθάλασσας σε σχετικά χαμηλά επίπεδα. Το έδαφος της περιοχής αποτελείται κυρίως από αλλουβιακές και λιμναίες αποθέσεις , ενώ τα βαθύτερα στρώματα περιλαμβάνουν ένα μείγμα από άμμο, κροκαλίες και πέτρες.
Τα τελευταία χρόνια ,το μεγαλύτερο τμήμα της περιοχής του Κοτυχίου καταλαμβάνουν οι γεωργικές καλλιέργειες (πατάτες , καλαμπόκια κ.α.) και κάποια χορτολίβαδα για ελεύθερη βόσκηση , ενώ γύρω από την λιμνοθάλασσα έχει απομείνει μια στενή αλλά σημαντική φυσική ζώνη.